在《黑神话：悟空》构建的奇幻世界中，故事始于西游取经之后。孙悟空被封为“斗战胜佛”，然而，他看透了天庭和灵山掌权者的虚伪，不愿被佛位束缚，渴望回到花果山过上自由的生活。但天庭不允许悟空“退休”，于是，一场大战在所难免。
天庭派遣二郎神杨戬率天兵天将再度降临花果山。在这场惊心动魄的战斗中，双方实力相当，战斗过程异常激烈。然而，不知何处传来的紧箍咒声打乱了战局，孙悟空在咒语的折磨下逐渐不敌，最终落败。他的身躯被打成六块，其中五根分别被分给了五位妖王，而代表“意”的部分则化为奇石，静静地落在花果山巅 ，成为了一段传说的开始。
花果山的猴子猴孙们从未放弃复活悟空的希望，一代代的猴子踏上了搜集“五根”的艰难征程。玩家所扮演的“天命人”，便是其中一员。从此，一场充满挑战与未知的冒险拉开了帷幕。
黑风山：眼见喜之贪
天命人首先来到黑风山，这里的故事与原著有着千丝万缕的联系，却又有着独特的改编。
当年，唐僧和孙悟空路过观音禅院，金池长老见到唐僧的锦襕袈裟后，贪欲顿起。广智提议杀人夺衣，广谋则建议放火。孙悟空向广目天王借来避火罩，却不料火势失控，整个寺院陷入火海，金池长老含恨自杀，袈裟也被黑熊精趁机偷走。最终，孙悟空在观音菩萨的帮助下打败黑熊精，观音收黑熊精守山。
在《黑神话：悟空》中，剧情有了新的发展。黑熊精和金池长老在百年前便是好友，黑熊精教授金池长寿法门，还资助他去城市里的僧院修行。然而，金池长老因没有漂亮袈裟证明自己的地位而心怀自卑，贪欲逐渐膨胀。当唐僧的锦襕袈裟出现时，他心中的恶念彻底爆发 。黑熊精夺走袈裟，或许是也想占有，又或许是不想让老友犯错，但最终金池长老还是死于火海，化为冤魂。
取经多年后，天庭召唤各方势力围剿花果山。黑熊精受到龙女的邀请，并且在观音菩萨承诺去掉金箍的诱惑下，参与了这场围剿。因功劳“戴罪立功”，他被二郎神分了大圣根器的“眼见喜”，回到黑风山。
回到黑风山的黑熊精重建观音禅院，试图利用根器树立威信。他用自愿赴死的狼妖复活了老朋友凌虚子，可凌虚子得知自己是被献祭复活后，选择上吊自杀。无奈之下，黑熊精找来苍狼精灵虚子替代，然而灵虚子与原来的狼妖不和，与广智形成对峙。蛇精们以广谋为领导，黑熊精还封了一位神秘莫测的白衣秀士。之后，黑熊精试图复活金池长老一同论禅，却失败了，金池长老变成幽魂满山乱跑。
在这个故事里，大圣的“眼见喜”根器，象征着贪念。孙悟空当年拔走定海神针，金池长老和黑熊精觊觎唐僧的袈裟，以及黑熊精后来建起高塔敛财敛权，都是贪的表现。而金池长老在临死前的悔悟，黑熊精在面对生命威胁时抛下根器，都让天命人开始思考贪欲的危害。
黄风岭：耳听怒之嗔
离开黑风山，天命人来到了黄风岭，这里同样有着复杂的人物和故事。
黄风岭的故事要从流沙国说起。流沙国因佛祖赐鼓而崇佛，后来却因百姓信佛不信国王，导致国王灭佛，并将国名改为斯哈哩国。不久后，天降虫灾，国王的大军也无可奈何。这时，黄毛貂鼠出现，斩杀了虫妖，被封为国师。但后来他出走黄风岭，在取经时被灵吉菩萨收走。
取经时，虎先锋曾抓过唐僧，他的父亲被孙悟空打死，哥哥得到虎神称号。黄风大圣重回黄风岭后，打伤了虎先锋的弟弟，虎兄无奈跪下称臣，被封虎先锋，但他心中对黄风大圣充满怨恨，每天都要吃几只斯哈哩国的鼠妖臣民来泄愤。
沙国王父子在虫灾后的遭遇也颇为曲折。沙国王颁布敬鼠令，他的三儿子却因此出走，还引来了天降鼠灾，最后投奔了重回黄风岭的黄风大圣。大儿子则因国师求情入狱，后来引发鼠灾，导致精神失常。
石敢当为了保护山中生灵，与肉佛头战斗，却反被寄生控制。黄毛貂鼠路过时，帮助山神打败肉佛头，挖出六个佛目珠镇在山谷，石敢当也被封印，山中生灵便尊黄毛貂鼠为黄风大圣。后来，黄风大圣降佛头石怪时分精魄给两位山神，石父石母因此诞下石子。石父因故外出，石子踏上寻父之路。取经时黄风大圣被抓，重回黄风岭后，石母全力化生大石精守门，黄风大圣收服石母受阻，派虎先锋劝降大石精，封其为石先锋，专职看守被封印的石敢当。
黄风大圣为了以防被天庭清算，设下两道密符，分别由虎先锋和石先锋守门，鼠禁卫监管，自己则开启黄风大阵，闭关炼化根器。
在黄风岭的冒险中，天命人看到了各种因愤怒、嗔恨而引发的冲突和悲剧。虎先锋对黄风大圣的怨恨，沙国王父子的遭遇，都体现了“耳听怒”的危害。大圣的这一根器，代表着听不得坏话、斥责和异见的嗔怒，黄风岭的故事让天命人对嗔怒的后果有了更深刻的认识 。
小西天：鼻嗅爱之痴
天命人继续前行，来到了小西天，这里也有着一段独特的故事。
黄眉原本与金蝉子辩经，后来他在小西天设下陷阱，想要报复当年帮助过孙悟空的人。他打败了小张太子和四神将，还将龟蛇二将打伤，龟将沉入水底。
亢金龙曾请旨去小西天，结果被黄眉蛊惑，收为徒弟。黄眉的行为引起了各方势力的不满，但他依然我行我素，试图重建自己在小西天的势力。他收留了海上僧（何罗鱼）、无量蝠、赤尻马猴等，还与一些心怀不轨的人勾结在一起。
在小西天的故事中，黄眉对当年的恩怨耿耿于怀，这种过度的执着和痴念，正是大圣“鼻嗅爱”根器的体现。他沉迷于过去的仇恨，无法自拔，不惜一切代价进行报复，却忽略了自己的行为带来的后果。天命人在这里见证了黄眉的痴狂，也对“鼻嗅爱”所代表的过度执着和痴迷有了更深入的理解。
盘丝岭：舌尝思之妄
盘丝岭上，天命人遇到了与猪八戒有着复杂情感纠葛的蜘蛛精，以及背后隐藏的诸多秘密。
猪八戒在天上时，对嫦娥十分仰慕，却与嫦娥宫里的一个宫女产生了暧昧。一天，他撞破嫦娥与另一男子在一起，随后被贬下凡。在高老庄，他遇到美女，追逐过程中发现自己变成了猪。失魂落魄时，他又看到一群美女在温泉池洗澡，其中就有与他暧昧的宫女，此时已变成蜘蛛精。蜘蛛精与猪八戒过了一段甜蜜的小日子，但最终因为取经，猪八戒抛弃了蜘蛛精。
取经时，盘丝洞的蜘蛛精曾给师徒四人带来不少麻烦。如今，蜘蛛精抓了猪八戒，她对八戒痴心一片，即便白发苍苍，仍想与他同房成亲，因为他们已经有了一个可爱的女儿。
与此同时，盘丝岭还隐藏着更大的阴谋。昴日星官和毗蓝婆菩萨遭遇不测，背后似乎有着天庭的影子。西王母的小女儿太真夫人、百眼魔君的师父在紫云山投下两枚仙卵，一枚被喂给昴日星君，使其变成晦月魔君，另一枚逃走后变成琴螂仙。百眼魔君用金钗割喉昴日星官，还将毗蓝婆菩萨的双手放入琴螂仙卵，变成左右手虫，左手虫被青蛙吃了变成青蛙舌头。黄花观招收弟子，将他们喂给琴螂仙卵变成虫妖，再送到紫云山被晦月魔君杀死，以获取玲珑内丹，炼制天上的仙丹。
百眼魔君让紫蛛儿抓猪八戒，还试图截杀天命人，并且私吞了几个根器。他在这里重建黄花观势力，与毒敌大王、糜道人等勾结在一起。毒敌大王是取经时女儿国旁毒敌山母蝎子精的道侣之一，为了报复昴日星官，带着四个儿子投奔百眼魔君。
在盘丝岭的经历中，猪八戒与蜘蛛精的情感纠葛，以及天庭背后的黑暗交易，都展现了“舌尝思”所代表的妄念。人们被情感和欲望冲昏头脑，做出了许多不理智的行为，导致了一系列悲剧的发生。天命人在这里深刻体会到了妄念的危害，也对人性有了更深刻的认识。
火焰山：意见欲之慢
火焰山，这片炽热的土地上，隐藏着牛魔王一家的复杂故事和天庭的阴谋。
红孩儿的身世充满了秘密。夜叉王族被灭，太上老君让小道童收了夜叉王之子的精魄，又利用夜叉王的性命，让铁扇公主喝子母河的水，生下了红孩儿。红孩儿并不知道自己的身世，他的梦想是成为强大的妖王。
牛魔王在围剿悟空后，重回火焰山。数十年后，观音菩萨让红孩儿回火焰山。后来，红孩儿得知了自己的身世，他想要报仇，却遭到牛魔王的阻拦。牛魔王锁了红孩儿，派璧水金睛兽看管，但红孩儿还是逃走了，还假装被金睛兽咬伤，趁机夺走牛魔王的兵器，将其囚禁起来。
铁扇公主因为红孩儿的事情四处求人，她求太上老君被劝退，想替红孩儿向如来报仇，却被金刚罗汉的忿怒相吓退。而火焰山土地也有着自己的故事，他原本是太上老君的道童，因为悟空打翻八卦炉被贬下凡，铁扇公主自请下凡为他请了地仙身份。
火焰山的势力错综复杂，有五行战车、急如火快如风、云里雾雾里云等各方势力。红孩儿为了得到根器，与牛魔王产生了激烈的冲突，这背后也反映出了“意见欲”所代表的傲慢和固执。牛魔王和红孩儿都坚持自己的想法，不肯妥协，导致家庭破裂，也让火焰山陷入了混乱。天命人在火焰山的冒险中，看到了亲情、仇恨和权力欲望的交织，对“意见欲”有了更深刻的感悟。
花果山：身本忧之惧
天命人历经重重困难，终于集齐了六根，回到了花果山。然而，他却发现自己就是“六根”中的意。当他回到花果山时，大圣的躯体出现，但并未复活，躯体反而化为紧箍，时空重启，天命人再次重生。
这背后隐藏着更深的秘密，天庭和灵山在暗中操纵一切，老猴子可能是天庭的卧底。但开启二周目后，会发现这一切其实是杨戬和悟空设下的局。孙悟空故意求死，与杨戬做局，目的是永久摆脱紧箍，唯一的方法就是彻底脱胎换骨，换一副身躯。而杨戬将孙悟空真正的意留在了第三眼之中，等待真正有能力继承大圣意志的天命人出现，再将其交还。
在花果山的最终对决中，天命人面对的不仅是强大的敌人，更是自己内心的恐惧和困惑。他在寻找六根的过程中，不断地面对各种诱惑、挑战和痛苦，这些经历让他逐渐成长，也让他对自己的使命有了更深刻的认识。当他最终战胜自我，继承了大圣的意志，他也完成了从一个普通猴子到英雄的蜕变。
《黑神话：悟空》通过丰富的剧情和精彩的故事，展现了一个充满奇幻色彩的神话世界。玩家在游戏中不仅能体验到刺激的战斗，还能深入思考人性、欲望、正义等深刻的主题，感受到中国传统文化的魅力。