《猎鹰1949》的剧情主要讲述了1949年新中国成立之际，国民党不甘心退出历史舞台，派特务潜入西南，代号“老板”的特务头子严森发起了“猎鹰计划”。中共特纵特务营营长燕双鹰在执行任务时得知该计划，为保护革命胜利果实，他化装成军统少将，深入敌人内部，与敌人展开了一系列惊心动魄的斗争。
在大结局中，燕双鹰识破了李延平的阴谋，并策划了“请君入瓮”的好戏。他潜入防空洞与老板和黑狼进行最后的战斗，成功销毁了病毒、击毙了黑狼和林玉仙，抓获了老板。然而，赵雅琴和中村却为此献出了自己的生命。
孤岛飞鹰孤岛飞鹰惊心动魄的，燕双鹰像正义、勇敢的化身，他不管自己的安危，去于日本人搏斗……很好看的，非常值得一看。
正当李延平颇为得意时，却发现吴玉霞率领部队将小屋重重包围。原来燕双鹰已经思考出真相并策划了“请君入瓮”的好戏。
燕双鹰放心不下赵雅琴，因为李延平身份的确认也就意味着林玉仙并没有弃暗投明，她一直是老板忠实的走狗，雅琴和中村处境堪忧。李延平被捕后，燕双鹰立刻赶往防空洞与老板和黑狼进行最后的战斗，他牵挂雅琴的安危，也担忧病毒炸弹可能造成的毁灭性后果。
最终，燕双鹰销毁了病毒、击毙了黑狼和林玉仙，抓获了老板，然而赵雅琴和中村却为此献出了自己的生命。